A bakteriális fertőzésekre a gyermekorvosok leginkább az antibiotikum-terápiát javasolják. Az antibiotikumok azonban sajnos nem tesznek különbséget a káros baktériumok és a tápcsatornában található hasznos baktériumok között. A hasznos mikroorganizmusok, az úgynevezett probiotikumok azonban segítenek a belek természetes flórájának helyreállításában.
A probiotikus baktériumok egyik legismertebb formája a Lactobacillus. A Lactobacillus bulgaricus a felelős a tejtermékek erjesztéséért, mely által joghurt keletkezik, ugyanakkor jelen van az anyatejet helyettesítő tápszerekben is. Finn tudósok a Lactobacillusok hatását vizsgálták csecsemőkön, és megállapították, hogy a probiotikus terápia csökkenti a középfül fertőzések és a légúti megbetegedések kiújulásának arányát, valamint ennek eredményeképpen csökkenti az antibiotikum használat szükségességét is.
Gyakran előfordul, hogy az antibiotikum használat következményeként hasmenés jelentkezik a csecsemőnél. A probiotikus bifidobaktériumról megállapították, hogy az megtalálható az egészséges csecsemők beleiben. Mivel a csecsemők, és különösen a koraszülöttek különösen fogékonyak a betegségekre, kutatások azt sugallják, hogy a probiotikumok használata csökkenti a fertőzésveszélyt ezeknél a gyermekeknél. Ezen túlmenően arra is felhívják a figyelmet, hogy az antibiotikum felborítja a belek természetes flóráját, így a bifidobaktérium segíthet annak visszaállításában.